После начала первой чеченской войны Хасан Баиев отправил в Ингушетию жену с детьми и 90-летним отцом, а сам остался. Сестра, тоже медсестра, и мать остались с ним. Он оказался единственным врачом на пять населённых пунктов, в которых проживало примерно 100 тысяч человек. За полтора года этой войны прооперировал более 4600 человек, как мирных жителей, так и участников боевых действий с обеих сторон конфликта. Свою «Ниву» он использовал как машину скорой помощи. Иногда к нему одновременно привозили на лечение и российских солдат, и чеченцев. Случалось, что ваххабиты приносили в госпиталь своих раненых и, требуя лечить «своего», сбрасывали со стола человека, которому в тот момент делали операцию.Не было электричества, воды, лекарств, перевязочных средств, медицинских инструментов. Для освещения приходилось использовать свечи и керосиновые лампы. Для ампутаций использовалась ножовка по металлу, при трепанациях черепа — ручная дрель. Часто не было донорской крови и персонал больницы, в том числе и сам Баиев, отдавал свою. Ему удавалось поспать не больше трёх часов в сутки. Не было анастезиолога, обезболивающих средств, поэтому операции приходилось делать под местным наркозом, иногда до 30 в день. Однажды за 48 часов он провел 67 ампутаций. Местные жители помогали работникам больницы чем могли: едой, медикаментами.
Как-то две женщины привели ему на операцию корову, которой осколок попал в шею. Хасан разозлился: «Я людей не успеваю оперировать!». Но потом выяснилось, что в семье пять детей, и если корова умрёт, то кормить их будет нечем. Впоследствии в благодарность Баиеву передали банку сметаны от этой коровы.
Он ампутировал ногу Шамиля Басаева. Однажды к нему приехал Арби Бараев со своим отрядом. Он арестовал Баиева, провёл над ним суд и приговорил к расстрелу за лечение федеральных военнослужащих. Баиева уже вели расстреливать, когда на территорию больницы приехала машина с раненными бойцами Бараева. Им нужна была срочная медицинская помощь, и расстрел отложили на то время, что Баиев их лечил. Затем начались боевые действия и бараевцам стало не до Баиева. После ухода Бараева в Алхан-Калу вошли федеральные войска. Баиева повели расстреливать за то, что он лечил боевиков. Но местные жители встали между Баиевым и федералами и сказали: «Тогда и нас расстреливайте».
После начала второй чеченской войны он опять стал помогать раненым. На ведение записей у него не хватало ни сил, ни времени. По его собственным словам, во время второй войны он прооперировал вдвое больше людей, чем в первую. Баиева опять начали преследовать обе воюющие стороны. Однажды его жестоко избила группа спецназа, а затем использовала его в качестве живого щита от боевиков.Его книга «Клятва, или Хирург под огнем» переведена на 20 языков. Ее используют как пособие по экстремальной медицине в американских университетах. Но эту книгу не взялось печатать ни одно российское издательство:
«Боюсь, что в России книга не выйдет, потому что моя трактовка войны понравится не всем. Здесь нет восхвалений в адрес военачальников, которые считаются чуть ли не героями. Я таких не встречал, тем более что в гражданской войне героев не бывает. Я также далёк от героизации ичкерийцев и тем более их лидеров, которые привели к трагедии. Один из бывших деятелей Ичкерии, прочитав книгу, позвонил мне и сказал, что мне так удалось описать события, что ни одна из сторон не останется довольной. На самом деле этот человек сделал мне комплимент. Я не собирался оправдывать или идеализировать кого-то. Просто написал то, что видел».
Сейчас он официально живет в штате Массачусетс. Но с 2008 года доктор Хасан занимается бесплатным лечением детей в Грозном, по нескольку раз в год приезжая в Чечню и проводя здесь большую часть времени. Помогал он бесплатно и детям Беслана. Баиев известен как великолепный врач от бога и автор сразу двух автобиографических книг, переведенных на множество языков мира.
— Американца из меня не вышло. У нас, чеченцев —  это в крови — куда бы ни занесла нас наша судьба, мы обязательно должны вернуться домой и всегда возвращаемся, — говорит о себе Баиев.